Des scientifiques au Cambodge et au Japon ont isolé des nouvelles souches de coronavirus d’échantillons de chauves-souris. Sont-ils liés de près ou de loin à la souche pandémique SARS-CoV-2 ?

L’enquête généalogique sur les parents du SARS-CoV-2 et son réservoir naturel connaît un nouveau souffle. Un peu par surprise, plusieurs échantillons, issus de chauves-souris à nez en feuille (du genre Rhinolophus), conservés dans deux congélateurs de laboratoire, un au Cambodge et l’autre au Japon, ont révélé l’existence de nouvelles souches de coronavirus. Leur lien génétique avec le SARS-CoV-2 est au cœur des attentions.

Tout d’abord, regardons rapidement l’arbre généalogique du SARS-CoV-2 tel que nous le connaissons actuellement. Le SARS-CoV-2 est un coronavirus de la famille des Betacoronavirus, il appartient plus précisément au sous-genre Sarbecovirus. On y retrouve les SARS-CoV-1 et 2 et d’autres coronavirus issus des chauves-souris.

Dans les Sarbecovirus, on trouve également le coronavirus RaTG13. Ce dernier est le plus proche parent connu du SARS-CoV-2 actuellement, avec environ 96 % de similitude. RaTG13 est issu d’une espèce de chauve-souris vivant en Chine, Rhinolophus affinis.

Il est difficile de placer la trouvaille des scientifiques cambodgiens dans cet arbre généalogique. Les scientifiques ont communiqué leur découverte de ce nouveau coronavirus à Nature, mais pour le moment sa séquence génétique n’est que partielle et n’a pas été publiée. Ce qui est sûr, c’est qu’il provient aussi d’une chauve-souris, Rhinolophus shameli, capturée au nord du Cambodge en 2010.

S’il s’avère que ce coronavirus est proche du SARS-CoV-2, plus proche même que RaTG13, il pourrait détenir de précieuses informations sur comment le SARS-CoV-2 a fait son chemin entre les chauves-souris et l’être humain. Sinon, il est une preuve supplémentaire que les chauves-souris sont un réservoir important de coronavirus en Chine et dans d’autres pays asiatiques.

Concernant le coronavirus japonais, appelé Rc-o319, on dispose d’un peu plus d’informations. Sa description a été publiée par les scientifiques du National Institute of Infectious Diseases de Tokyo, au début de mois de novembre. Rc-o319 est issu de Rhinolophus cornutus, une petite chauve-souris endémique de l’archipel japonais, dont quatre spécimens ont été capturés en 2013 pour en collecter les fèces.

Les scientifiques ont observé 81,47 % d’identité avec le SARS-CoV-2, ce qui n’est pas suffisant pour en déduire des informations sur l’origine de la pandémie actuelle ou le considérer comme un ancêtre potentiel. Aaron Irving, un chercheur en maladie infectieuse à l’université du Zhejiang à Hangzhou, a indiqué à Nature, qu’il faudrait qu’un coronavirus soit à 99 % similaire au SARS-CoV-2 pour être considéré comme un ancêtre direct.

L’enquête se poursuit donc, mais il est certain que les coronavirus prospèrent dans les chauves-souris du genre Rhinolophus depuis des années et bien avant que le SARS-CoV-2 ne révèle son existence. Le coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19 n’est pas apparu du jour au lendemain, et encore moins dans les tiroirs d’un congélateur de laboratoire, il est le fruit d’une longue histoire évolutive qui nous échappe encore.

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